La FUNPROEIB Andes se ha constituido sobre la base y experiencia del PROEIB Andes con la finalidad explícita de dar continuidad a las acciones que este último está desarrollando.
La decisión de su conformación ha sido asumida por una mayoría de los miembros del Directorio del PROEIB Andes, a saber: la Cooperación Técnica alemana (GTZ), Consejo Educativo Aimara (CEA) de Bolivia, Consejo Regional Indígena del Cauca (CRIC) de Colombia, la Unión de Comunidades Aimaras (UNCA) del Perú y la Universidad Politécnica Salesiana (UPS) del Ecuador. Se sumaron a esta iniciativa la Asociación de Egresados del PROEIB Andes de Bolivia y Chile, respectivamente.